Un diagnóstico organizacional puede abordarle desde distintos niveles; puede iniciar en uno conductual, mediante la inclusión de observadores en el lugar de trabajo; dichos observadores se encargarían de describir cuál es el comportamiento de los colaboradores de la empresa en el día a día y cómo son sus relaciones interpersonales con los compañeros del mismo rango y con los de otros departamentos, así como con los directivos.
En un nivel más profundo se hace un análisis de los valores de la empresa y si estos entran en conflicto con los valores individuales de los trabajadores. Se trata de averiguar si los valores y las creencias se manifiestan en las formas de pensar y de actuar, y cómo esta diversidad puede ser útil para formalizar la cultura de la organización (Espinoza y García, 2011).
Por lo general, cuando se quiere hacer un diagnóstico de la cultura organizacional se recopilan datos de la cultura dominante pero tomando en cuenta que dentro de la misma organización pueden existir varias subculturas, limitadas a su vez por divisiones, departamentos, unidades, etc., según la estructura organizativa de la empresa. También es posible que las subculturas no se relacionen entre sí, que la propia cultura organizacional de la empresa no sea uniforme y que tampoco pueda diagnosticarse adecuadamente, aunque es posible suponer que no es aceptada por todos los integrantes y que estos tienen, incluso, inconvenientes con sus normas y valores.
Otro punto muy importante que se toma en cuenta en el diagnóstico organizacional es el grado de satisfacción laboral que los trabajadores experimentan en su puesto, en términos de las actividades que realizan y los beneficios salariales que obtienen. Una investigación cualitativa analiza y describe la relación existente entre los actores organizacionales dentro del sistema cultural y, del contexto empresarial, del mercado global y de los fenómenos sociales y políticos. Los vínculos que se establecen tienen relación con la personalidad de los miembros y la historia pasada de la organización.